Le système de santé du Bénin a une structure pyramidale inspirée du découpage administratif ; il comporte trois différents niveaux :

• Le niveau central ou national Il est administré par le Ministre de la Santé Publique qui assure la mise en œuvre de la Politique Sanitaire définie par le gouvernement. Dans cette optique, il initie l’action sanitaire, en planifie l’organisation, coordonne et contrôle la mise en œuvre des projets et programmes de santé. A ce niveau, on retrouve comme structures de soins le Centre National Hospitalier et Universitaire Hubert Koutoukou Maga (CNHU-HKM), le Centre National Hospitalier de Pneumo-phtisiologie (CNHPP), le Centre National Hospitalier de NeuroPsychiatrie (CNHNP) et l’Hôpital de la mère et de l’Enfant - Lagune (HOMEL). Le CNHU a deux autres vocations qui sont la recherche et la formation.
• Le niveau intermédiaire ou départementalIl est administré par les Directeurs départementaux de santé. Les activités sanitaires se font à ce niveau dans les hôpitaux départementaux. Les Directions Départementales de la Santé (DDS), actuellement au nombre de six pour douze départements, sont chargées de la mise en œuvre de la politique sanitaire définie par le gouvernement, de la planification et de la coordination de toutes les activités des services de santé et d’assurer la surveillance épidémiologique dans les départements. Le Centre Hospitalier Départemental (CHD) constitue le centre de référence pour les cas référés par les hôpitaux de zone (pour ceux qui sont fonctionnels) ou par les centres de santé.
• Le niveau périphérique. Il représente l’entité opérationnelle la plus décentralisée du système sanitaire. En effet, le territoire national est réparti en 34 zones. Chaque zone dénommée Zone Sanitaire (ZS) regroupe un certain nombre de services de santé public de premier contact : les centres de santé d’arrondissement ou de commune. A ces infrastructures s’ajoutent les dispensaires ou maternités isolés, les UVS et les CASES ; toutes ces structures de soins sont appuyées par un hôpital de référence (public ou privé), appelé Hôpital de Zone (HZ) qui constitue le premier niveau de référence de la ZS. La ZS est dotée de la personnalité juridique et de l’autonomie de gestion ; elle est placée sous la tutelle du Ministère de la Santé Publique. Ses organes de gestion sont le Comité de Santé de la Zone Sanitaire (CS/ZS) et l’Équipe d’Encadrement de la Zone Sanitaire (EEZS).

Nombre de structures de soins La couverture en infrastructures sanitaires au Bénin s’est améliorée, passant de 80% au 31 décembre 2001 à 89% au 30 juin 2005. Toutefois, cette couverture relativement bonne en infrastructures sanitaires, généralement jugée suffisante, est inégalement répartie sur l’ensemble du territoire national. Les infrastructures disponibles par niveau de la pyramide sanitaire sont :

• au niveau périphérique, il y a 425 CSA sur 578 prévus, 75 CS Com sur 82 prévus et 27 HZ sur les 34 prévus ; les HZ constituent le premier niveau de référence ;
• au niveau intermédiaire, il y a cinq CHD qui constituent le deuxième niveau de référence ;
• au niveau national, il y a le CNHU-HKM, le CNHPP, l’HOMEL et le CNHNP Jacquot.

Le secteur privé libéral qui détient une bonne partie de l’offre (environ 30%), surtout en zones urbaines évolue toujours en marge du secteur public. Comme conséquence, on a enregistré 631 structures privées lors du recensement des formations sanitaires privées en 1998 (MSP Bénin). Situation sanitaire du pays La situation sanitaire du Bénin est caractérisée par une prédominance des affections tropicales, avec de fréquentes épidémies (choléra au Sud et méningite au Nord). Le paludisme est l’affection la plus dominante. Il représente à lui seul plus du tiers des motifs de consultation et d’hospitalisation dans les structures sanitaires publiques. Le paludisme est suivi par les infections respiratoires aiguës et les maladies diarrhéiques. Ces trois maladies représentent à elles seules 60% des motifs de consultations en 2004.